scRNAseqの理解と研究のためのリンク集

日本語による解説

私（山形）が、脳科学辞典の項目として執筆してきた「シングルセルRNAシーケンシング」を脱稿しました。査読後、公開することになりましたら、こちらのリンクから見ることができるようになります。（12/23追記、査読が終了し、一般公開が始まりました）

10月にbioRxivにあげたプレプリントです。

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scRNAseqについての英語によるワークショップ

ハーバード大学のBioinformaticsコアによるワークショップ

Rをインストールするところから解説しています。

Single-cell RNA-seq analysis workshop

MIT-Harvardブロード研究所によるコース

ANALYSIS OF SINGLE CELL RNA-SEQ DATA

英国サンガー研究所のコース

Analysis of single cell RNA-seq data

YouTube版です。

ドイツTheisラボの総説論文「Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial」の関連サイト。

「Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial」

このリンクが総説論文（オープンアクセス）です。

scRNAseq解析ではもっとも有名なRパッケージSeurat

まずvignettesで様々な適用例を試してみるとよいでしょう。

Monocleのホームページ

PythonによるScanpyのホームページ

10X Genomicsのホームページ

scRNAseqのウェットな実験法のプロトコールとその議論

scRNAseq研究のための発展的なパッケージを集めたホームページ

Trajectory inferenceの方法を比較している

Svenssonらによる最近のscRNAseqの動向を集めたページ

データベース

NCBIのGene Expression Omnibus

Human Cell Atlas

Tabula Muris (Human Cell Atlasのマウス版）

ブロード研究所のSingle Cell Portal

Mouse Brain Atlas (Linnarssonラボ)

http://mousebrain.org/

Allen Brain Atlasのtranscriptome

scRNAseq関係の最新論文などをtweetしているtweeterアカウント

私のTwitterリンク集です

わがまま科学者日記